Następnym etapem w rozwoju kształcenia urologów w Polsce jest certyfikacja ośrodków kształcących. W chwili obecnej Oddział Urologii Ogólnej i Onkologicznej Specjalistycznego Szpitala Miejskiego w Toruniu otrzymał jako piąty oddział w Polsce (i jako pierwszy oddział nie kliniczny), europejski certyfikat uprawniający do ogólnoeuropejskiego szkolenia. Lekarze rezydenci z całej Europy mogą przyjeżdżać do naszego szpitala by specjalizować się w urologii.
Nasz oddział został wysoko oceniony i postawiony został na równo z wiodącymi ośrodkami w Polsce i Europie. Program certyfikacyjny polega na ocenie ośrodka przez zebranie członków komitetu, a następnie wizycie oceniającej ośrodek przez wybranych dwóch specjalistów reprezentujących Europejskie Towarzystwo Urologiczne..
W celu otrzymania certyfikatu należy prowadzić w oddziale całościowe leczenie pacjentów urologicznych, zawierające leczenie przypadków nagłych, onkologię urologiczną, kamicę dróg moczowych, wybrane zagadnienia z andrologii oraz neurourologii. Ośrodek powinien używać nowoczesnych metod diagnostyczno-terapeutycznych (laparoskopia, ESWL, badania urodynamiczne i inne), prowadzić działalność naukowo-badawczą oraz edukację w ramach specjalizacji z urologii oraz staży kierunkowych w trakcie innych specjalizacji.
Oddział Urologii Ogólnej i Onkologicznej Specjalistycznego Szpitala Miejskiego w Toruniu spełnił te wszystkie warunki i otrzymał Certyfikat Europejskiego Towarzystwa Urologicznego.